Tenkai-hen joso Overture, además de ser una secuela de Saint Seiya, inicia la etapa final de la serie. Se cierra un ciclo; el ciclo de Atenea. Atenea reencarna cada 200 años para enfrentar a Hades que vuelve de entre los muertos para intentar dominar el mundo, es la razón por la que existe una historia que contar sobre Seiya y los Santos de Atenea. Hades ha sido derrotado para siempre (lo que llevaría a no más batallas mitológicas) y con esa saga se cerraron todos los cabos sueltos.

 La trama ha madurado considerablemente y ha adquirido una faceta adulta al ahondar en la relación Seiya-Saori/Atenea, mientras que los trágicos sucesos de la saga de Hades les han dado un trasfondo personal duro y más profundo a los personajes. Tenkai hen joso overture relata la historia de seiya después de la batalla de Hades donde el quedo en estado vegetativo por la herida que le provoco Hades. Seiya es blanco de tres angeles enviados para ejecutar su muerte pero es protegido por Atenea.

Luego que los tres guerreros celestiales Thesseus, Odisseus e Icaro (Tōma) son derrotados, tras duras batallas, ya que son enemigos realmente poderosos, Seiya encuentra a Atenea y entre ellos se cruzan palabras de sus sentimientos, pero finalmente Atenea pide el báculo de la tierra a Artemisa para "matar a Seiya", pero el no se opone, diciendo que su vida es de ella, y que puede quitársela si así lo quisiera. Aparentemente, Atenea asesina a Pegaso quien luego despierta y batalla nuevamente con Icaro, Artemisa se da cuenta que en realidad, Atenea con el báculo no mató a Seiya, sino que le quito la maldición de Hades, y está dispuesta a asesinar a Atenea con una flecha sagrada, Atenea parece decidida a aceptar la flecha sin miedo a morir, pero Icarus (quien realmente se llama Tōma y es el hermano desaparecido de Marin) intercepta la flecha. Más tarde aparece el dios Apolo y hermano de Artemisa y Atenea) quien sostiene una ligera batalla con Pegaso, quien alcanza un excepcional nivel en su cosmo pero la película deja esa inquietud de si pudo golpear a Apolo. Solo al final de la película (luego de los títulos) se muestra a Seiya con un kamei-armadura intentando golpear a Apolo y consigue rozarlo ante la sorpresa de este. Luego el kamei-armadura se separa del cuerpo del pegaso.

Después de los créditos se ve una extraña secuencia, donde Seiya y Saori están mirándose en medio de un lugar desconocido. Seiya está dispuesto para irse y Saori lo despide, diciéndole que tenga suerte en encontrar a la persona que está buscando. Este extraño epílogo no ha sido explicado todavía.